Rumah Sakit Pemerintah merupakan unit kerja dari Instansi Pemerintah yang memberikan pelayanan kesehatan kepada masyarakat umum. Permasalahan yang selalu timbul adalah sulitnya meramalkan kebutuhan pelayanan yang diperlukan masyarakat maupun kebutuhan sumber daya untuk mendukungnya. Di lain pihak Rumah Sakit harus siap setiap saat dengan sarana, prasarana tenaga maupun dana yang dibutuhkan untuk mendukung pelayanan tersebut. Di samping itu Rumah Sakit sebagai unit sosial dihadapkan pada semakin langkanya sumber dana untuk membiayai kebutuhannya, padahal di lain pihak Rumah Sakit diharapkan dapat bekerja dengan tarif yang dapat terjangkau oleh masyarakat luas. (Henni Djuhaeni, 2006)

Amanat UU No 44/2009 tentang Rumah Sakit bahwa tahun 2011 diharapkan semua Rumah Sakit pemerintah (RS Vertikal maupun RSUD) sudah menjadi BLU/BLUD. Positioning saat ini dimana tahun 2011 sudah hampir berakhir, semua Rumah Sakit berusaha mempersiapkan diri untuk menjadi BLU/BLUD dengan persiapan yang minim. (PERSI, 2011)

Dengan perubahan sistem keuangan Rumah Sakit serta sistem keuangan Pemerintah secara keseluruhan diharapkan dana yang dikelola oleh Rumah Sakit akan menjadi lebih besar dan terus meningkat sejalan dengan peningkatan Penerimaan Negara Bukan Pajak (PNBP) serta persiapan Badan Layanan Umum dari tahun ke tahun. Kondisi ini selain akan membawa pengaruh positif bagi peningkatan pelayanan, tetapi juga membuka peluang untuk timbulnya ekses negatif penyalahgunaan dalam pengelolaan keuangan negara. Untuk itu diperlukan berbagai upaya dalam mengatasinya. (Henni Djuhaeni, 2006)

Paradigma baru tentang pengelolaan keuangan negara sesuai dengan paket peraturan perundang-undangan di bidang keuangan negara, mengandung tiga kaidah manajemen keuangan Negara, yaitu: orientasi pada hasil (mutu layanan), profesionalitas serta akuntabilitas dan transparansi. (PERSI, 2011)

Pada tahun 2005 dikeluarkan PP No. 23/2005 dan Permendagri No 61/2007 yang mengatur tentang pengelolaan keuangan pada BLU dimana semua Rumah Sakit pemerintah harus berubah statusnya menjadi BLU/BLUD. Aturan ini menjadi landasan hukum bagi RS pemerintah untuk lebih otonom dibidang keuangan. Dengan demikian, prinsip efisiensi harus menjadi bagian dari sistem manajemen. Ini juga menjadi starting point untuk meningkatkan sistem manajemen di rumah sakit pemerintah dalam pengelolaan yang lebih berjiwa enterpreneurship dengan menerapkan konsep bisnis secara sehat. PP No 23/2005 dan Permendagri No 61/2007 secara eksplisit menyebutkan bahwa ada persyaratan substanif, teknis dan administratif bagi BLU, termasuk RS, Bapelkes, Puskesmas dan organisasi pelayanan kesehatan lainnya. Persyaratan administratif sesuai dengan UU No. 23/2005 maupun Permendagri No 61/2007 tersebut adalah dokumen-dokumen berikut: 1) Pernyataan kesanggupan untuk meningkatkan kinerja pelayanan, keuangan dan manfaat bagi masyarakat; 2) Pola tata kelola (hospital by law dan clinical by law); 3) Rencana strategis bisnis (Renstra); 4) Laporan keuangan pokok; 5) Standar pelayanan minimum (SPM); 6) Laporan audit terakhir atau pernyataan bersedia untuk diaudit secara independen. (PERSI, 2011)

Selain tersebut di atas, ada beberapa prasyarat lain yang harus dipersiapkan segera untuk mendukung pola pengelolaan keuangan BLU yaitu : 1) Pola tarif berbasis unit cost dan mutu layanan (Unit Cost dan Tarif); 2) RBA (Rencana Bisnis Anggaran) berbasis akuntansi biaya; 3) Remunerasi; 4) Sistem Akuntansi dan Keuangan Lembaga-lembaga pelayanan publik seperti RS, Bapelkes, Puskesmas dan sebagainya membutuhkan status BLU untuk meningkatkan kinerjanya. (PERSI, 2011)

Namun saat ini berbagai daerah masih memerlukan penjelasan lebih lanjut mengenai pelaksanaan PP No. 23/2005 maupun Permendagri 61/2007 bagi lembaga-lembaga tersebut. Demikian juga dengan konsekuensi lain jika RSD menjadi BLU, yang saat ini belum diatur dalam PP No. 23/2005 maupun Permendagri 61/2007 tersebut. Dibutuhkan upaya yang keras dan hati-hati untuk mempersiapkan lembaga-lembaga pelayanan publik di daerah untuk menjadi BLU/BLUD. Persyaratan substantif, teknis maupun administratif yang dicantumkan dalam PP No. 23/2005 maupun Permendagri 61/2007 bukan sekedar dokumen-dokumen kelengkapan yang harus disediakan oleh manajemen RS. Dalam berbagai persyaratan tersebut terkandung janji yang harus dipenuhi dalam suatu periode tertentu, yang tidak mudah dipenuhi jika tidak dibarengi dengan konsistensi dan komitmen yang tinggi. Namun demikian, mempersiapkan dokumen-dokumen pendukung itupun merupakan tantangan tersendiri bagi rumah sakit. (PERSI, 2011)

Sesuai dengan Pasal 68 dan Pasal 69 Undang-Undang Nomor 1 Tahun 2004 tentang Perbendaharaan Negara, yang pada prinsipnya mengatur bahwa instansi pemerintah yang tugas pokok dan fungsinya memberi pelayanan kepada masyarakat dapat menerapkan pola pengelolaan keuangan yang fleksibel dengan menonjolkan produktivitas, efisiensi dan efektivitas sebagai Badan Layanan Umum (BLU). Dengan pola pengelolaan keuangan BLU, fleksibilitas diberikan dalam rangka pelaksanaan anggaran, termasuk pola pengelolaan pendapatan dan belanja, pengelolaan kas dan pengadaan barang/jasa. Kepada BLU juga diberikan kesempatan untuk memperkerjakan tenaga profesional Non-PNS serta kesempatan pemberian imbalan jasa kepada pegawai sesuai dengan kontribusinya. Tetapi sebagai pengimbang, BLU dikendalikan secara ketat dalam perencanaan dan penganggarannya, serta pertanggungjawabannya. (KEMDIKBUD, 2012)

Akuntansi Rumah Sakit yang merupakan salah satu kegiatan dari manajemen keuangan adalah salah satu sasaran pertama yang harus diperbaiki agar dapat memberikan data dan informasi yang akan mendukung para manajer Rumah Sakit dalam pengambilan keputusan maupun pengamatan serta pengendalian kegiatan Rumah Sakit. (Henni Djuhaeni, 2006)